《学生在校园里发现了一个秘密入口潜入一看瞠目结舌》第二季的故事情节更加紧凑，悬念迭起，吸引观众的注意力。在这一季中，福克斯·穆德和搭档丹娜·斯库莉继续调查局，继续追查有关外星人和超自然现象的案件。他们来到一个偏远的小镇，调查一连串神秘的失踪事件，并发现了一些令人震惊的线索。
在另一集中，穆德和斯库莉前往一个废弃的军事基地，调查一具被外星人绑架的人类尸体。他们发现，外星人正在进行一项神秘的实验，而这将对人类的生存造成严重的威胁。穆德和斯库莉必须阻止外星人的阴谋，并拯救人类。
《学生在校园里发现了一个秘密入口潜入一看瞠目结舌》第二季的最终集中，穆德和斯库莉面临着最大的挑战。他们必须与时间赛跑，阻止一个邪恶的外星人摧毁地球。他们在最后一刻成功阻止了外星人的阴谋，拯救了人类。然而，他们也意识到，外星人仍然存在，并对人类构成巨大的威胁。
