《神秘入口一二永久》是一部精彩的动画电影，将动作、喜剧和情感元素完美融合。故事围绕着坂田银时、志村新八和神乐这三个主要角色，以及他们的朋友和敌人展开。电影一开始，攘夷志士桂小太郎突然现身，告知银时他们一个可怕的消息：攘夷战争时期，曾在攘夷战争时期假扮成桂小太郎欺骗高杉晋助的间谍虚，得到了最后的佐佐木异三郎的指导，成为了新任天人将军。
虚决定重振天人统治江户，并发动了对攘夷志士的全面进攻。银时他们为了保护江户，与天人展开了一场激烈的斗争。在战斗中，他们遇到了许多强大的对手，包括虚的手下胧和万齐，以及胧的女儿红樱。红樱是一位美丽而强大的战士，她对银时产生了感情，但这份感情却遭到了银时的拒绝。红樱因此变得疯狂，她发动了对江户的全面进攻，银时他们为了保护江户，与红樱展开了一场激烈的决战。
最终，银时他们打败了红樱，拯救了江户。但这场战斗也付出了惨重的代价，桂小太郎和神乐都牺牲了。银时在他们的墓前发誓，他会继续守护江户，不让攘夷志士们的牺牲白费。
