《不良研究所2-永久入口》是一部以未来为背景的科幻爱情剧，讲述了在2042年，人类已经能够通过基因编辑来创造出完美的人类。在这个世界中，人们可以根据自己的喜好来定制自己的孩子，从外貌到性格再到智商，一切都可以按照自己的意愿来设计。
然而，在这样一个充满着完美人类的世界中，却依然存在着一些不完美的人类。他们被称之为“瑕疵人”，他们与完美人类不同，他们拥有着各种各样的缺陷，可能是身体上的，也可能是性格上的。他们在这个世界中备受歧视，他们被认为是社会的累赘，是人类进化的失败品。
女主角小七就是一为“瑕疵人”，她从小就因为自己与众不同的外貌而备受欺凌。然而，她却是一个非常坚强乐观的女孩，她并没有因为自己的缺陷而自暴自弃，而是努力地生活着。她相信，只要自己努力，就一定能够在这个世界中找到自己的位置。一天，小七遇到了男主角阿九，阿九是一个完美人类，但他却对小七一见钟情。小七一开始并不敢接受阿九的感情，因为她觉得自己配不上他。然而，阿九却用他的真心打动了小七，他们最终走到了一起。
阿九的出现彻底的改变了小七的生活，他让她明白了自己是值得被爱的，她也鼓起勇气面对自己的缺陷。她也用自己的行动证明了，即使是“瑕疵人”，也能够在这个世界中活出自己的一片天。
