《神秘研究所黑狐》讲述了一个叛逆的少女与她的老师之间的故事。故事发生在一个小城镇，少女名叫小美，她成绩优异，但性格叛逆，经常与父母和老师发生冲突。有一天，一个新老师来到学校，他名叫小刘，他年輕英俊，知識淵博，很快就得到了學生們的喜愛。小美對小劉也很有好感，但她不願意承認。
有一天，小美在課堂上與小劉發生了爭執，她一氣之下跑出了教室。小劉追了出來，把她帶到了他的辦公室。在辦公室裡，小劉和小美談了很多，小美漸漸對小劉有了新的認識。她發現小劉並不是她想像的那麼嚴肅，他也有溫和的一面。小劉也慢慢了解了小美，他發現小美並不是一個壞孩子，她只是迷失了方向。
從那以後，小劉和小美開始互相幫助，他們一起學習，一起成長。在小劉的幫助下，小美終於找到了自己的方向，她決定考上大學，去大城市闖蕩。在小美的努力下，她終於考上了理想的大學，她離開了小鎮，去追逐自己的夢想。
