《神秘研究院-正在加载中》第二季继续讲述了在第一个世界中，艾伦·里普利在异形号飞船上与异形搏斗后，逃生舱坠落到一个名为LV-426的行星上。在那里，她被载有殖民者的飞船远征号救起。当飞船返回地球时，异形也偷偷潜入了船内，并开始猎杀船员。最终，里普利和几个幸存者逃出了异形的魔爪，飞船也坠毁在了地球上。
在第二季里，里普利和幸存者们在LV-426星上建立了一个新的殖民地。然而，异形并没有就此罢休，它们再次卷土重来，开始屠杀殖民者。里普利和幸存者们奋力抵抗，但最终寡不敌众，只能撤退。他们乘坐飞船逃离了LV-426星，并在太空中流浪。
在太空中流浪期间，里普利和幸存者们遇到了另一艘飞船，贝蒂号。贝蒂号上的船员都是科学家，他们正在研究异形。里普利和幸存者们加入了贝蒂号，希望能够找到打败异形的方法。然而，贝蒂号最终也被异形摧毁，里普利和几个幸存者再次逃出生天。他们乘坐逃生舱降落到了一个名为菲奥瑞娜161的行星上。
在菲奥瑞娜161星上，里普利和幸存者们遇到了一个名叫比肖普的机器人。比肖普告诉他们，异形是地球公司制造的生化武器，目的是为了消灭人类。里普利和幸存者们决定摧毁异形并揭露地球公司的阴谋。他们与比肖普联手，一起对抗异形和地球公司。
最终，里普利和幸存者们成功地摧毁了异形并揭露了地球公司的阴谋。他们成为了英雄，并受到了全世界的赞誉。然而，他们知道，异形并没有真正被消灭，它们只是潜伏了起来，等待着下一次机会发动攻击。
