《神秘の研究帝王》是一部科幻悬疑剧，讲述了在一座未来都市中，一群年轻人在玩一款名为“6080新视觉理论”的虚拟现实游戏时，意外发现了一个惊天的秘密。在游戏中，玩家可以体验到各种各样的虚拟现实场景，从现实世界到异次元空间，应有尽有。而随着游戏的深入，玩家们发现，游戏中的场景并不是简单的虚拟世界，而是真实存在的平行宇宙。
游戏的主角是一群大学生，他们分别是计算机系天才少年小明、游戏系美少女小美、以及物理系高材生小强。这三个人在游戏中相遇，并组成了一个团队，共同探索游戏的秘密。在游戏的过程中，他们遇到了各种各样的危险和挑战，但他们最终克服了重重困难，发现了游戏的真相。原来，游戏中的平行宇宙并不是自然形成的，而是由一个名叫“黑客帝国”的组织创造的。黑客帝国是一个邪恶的组织，他们利用平行宇宙来控制人类的世界。
小明、小美和小强在发现了黑客帝国的秘密后，决定与之斗争。他们联合其他玩家，组成了一个反抗组织，与黑客帝国展开了殊死的斗争。最终，他们打败了黑客帝国，拯救了世界。这部剧集以一个开放式的结局结束，为续集留下了伏笔。
