《神秘研究所爱劳动爱科学》延续了第一季的单元剧形式，讲述了发生在金宵大厦里的一个个奇幻故事。第二季的故事更加丰富多样，既有温情脉脉的爱情故事，也有悬疑惊悚的灵异故事，还有发人深省的社会话题故事。
第一集《神秘研究所爱劳动爱科学》讲述了一个关于爱情与梦想的故事。男主人公阿辉从小就有一个飞行的梦想，他努力学习，终于成为了一名飞行员。然而，在一次飞行事故中，阿辉的飞机坠毁，他失去了双腿。阿辉一度对生活失去了信心，但在女友小美和家人的鼓励下，他重新振作起来，创办了一家航空公司。小美也为了阿辉的梦想，成为了一名空姐。两人共同努力，最终实现了自己的飞行梦。
第二集《神秘研究所爱劳动爱科学》讲述了一个关于人鱼与人类的爱情故事。男主人公阿乐是一个渔民，在一次出海捕鱼时，他救起了一条受伤的人鱼。人鱼名叫小鱼，她对阿乐一见钟情。阿乐也被小鱼的美丽和善良所吸引，两人很快坠入了爱河。然而，他们的爱情却遭到了小鱼族人的反对。小鱼的父亲是人鱼族长，他认为人类和人鱼是不能在一起的。阿乐和小鱼为了能在一起，不惜与人鱼族决裂。最终，他们冲破了重重阻碍，走到了一起。
第三集《神秘研究所爱劳动爱科学》讲述了一个关于碟仙的灵异故事。女主人公阿芳是一个大学生，她与室友小月一起在宿舍里玩碟仙。没想到，她们真的招来了碟仙。碟仙告诉阿芳，她前世是一个负心薄幸的女子，害死了自己的丈夫和女儿。碟仙要求阿芳偿还前世欠下的债，否则她将死于非命。阿芳起初不信碟仙的话，但后来她发现碟仙说的都是真的。阿芳为了保住自己的性命，她决定偿还前世欠下的债。
