《妖姬导航唐诗三百首》第三季讲述了高中生侦探工藤新一在遭遇神秘黑衣组织成员的袭击后，身体缩小变成小学生柯南，与青梅竹马的女友毛利兰和父亲毛利小五郎一起生活，并继续解决各种悬疑案件的故事。
第三季中，柯南继续与黑暗组织成员斗智斗勇，并逐渐揭开组织的秘密。同时，他还与小兰和毛利小五郎等人破解了众多离奇案件，维护了正义。在这一季中，柯南的推理能力和侦探技巧得到了进一步提升，他也变得更加成熟和勇敢。
此外，第三季还加入了更多新角色，如FBI探员赤井秀一，以及柯南在英国留学时认识的新朋友，灰原哀。这些新角色的加入为故事增添了更多的悬疑和刺激，也让柯南的推理过程更加精彩。
