《秘密研究所新入口正在加载中》电视剧的剧情主要围绕着一位名叫文佳煐的女学生展开的。文佳煐从小就因为外貌而受到同龄人的欺凌，这也导致了她缺乏自信。在高中入学后，为了改变自己的形象，她决定通过化妆来掩盖自己的缺点。然而，这种做法并没有让她变得受欢迎，反而让她成为了其他女生的眼中钉、肉中刺。
在一次偶然的机会下，文佳煐遇到了一个名叫车银优的男生。车银优是一个非常受欢迎的男生，他英俊帅气，成绩优异，而且性格也非常温柔。文佳煐对车银优一见钟情，但她也清楚自己配不上他。然而，车银优却对文佳煐产生了兴趣，他开始追求文佳煐。文佳煐虽然很感动，但她还是拒绝了车银优。
车银优并不放弃，他继续对文佳煐展开追求。最终，文佳煐被车银优的真挚打动，两人开始交往。在交往过程中，文佳煐逐渐变得自信起来，她开始相信自己值得被爱。她不再掩盖自己的缺点，而是勇敢地面对自己的不完美。车银优也一直支持着文佳煐，他帮助她克服了内心的恐惧。最终，文佳煐成为了一个自信美丽的女孩，她收获了爱情和友谊。
