《秘密の，研究所入口》是一部甜蜜而浪漫的动画，讲述了两名高中生——小美和小刚——通过网络游戏相识并相恋的故事。小美是一个开朗活泼的女孩，她热爱游戏，在游戏中她结识了一个名叫“风之恋歌”的男孩，两人很快成为好友。小刚是一个内向害羞的男孩，他不擅长交际，在游戏中他遇到了一个名叫“阳光女孩”的女孩，两人也很快成为朋友。
随着时间的推移，小美和小刚逐渐对彼此产生了感情，他们开始在游戏中约会。不过，他们并不知道彼此的真实身份，直到有一天，他们决定在现实生活中见面。当他们终于见面时，他们都被对方的容貌所惊讶，他们发现彼此都是自己理想中的另一半。
小美和小刚开始在现实生活中约会，他们很快就坠入了爱河。他们一起经历了许多美好的时光，也一起经历了一些困难。不过，他们最终克服了所有的困难，并在高中毕业后结了婚。
